泡沫箱虽然具有许多优点，比如良好的防震、保温和防潮性能，但也存在一些不可忽视的缺点。
首先，泡沫箱的物理强度较弱，易碎、易变形。在运输过程中，一旦被或淋湿，容易破损，这就会对包装物的保护作用大打折扣。同时，其重复使用性也受到一定限制，经过多次运输、清洗、等处理后，泡沫箱的质感会变差，出现气泡、脆化等现象，影响使用寿命和使用效果。
其次，泡沫箱的保温时间相对较短，有时候不足6小时，这可能会限制其在某些需要长时间保温的场合的应用。
再者，泡沫箱没有固定的形状，这可能会损伤到包装内的物品，特别是在包装不规则形状的物品时，这个问题更为突出。
此外，泡沫箱的生产材料，如聚苯乙烯等塑料类，难以分解，容易造成环境污染。尽管有新型环保产品出现，但由于成本等原因，这些环保产品在市场上的占比仍然较小。
最后，值得注意的是，当泡沫箱的温度达到65℃时，其中的有害物质可能会渗入到食物中，对人的肝脏、肾脏及中枢神经系统等造成损害。因此，一般不用于食物运送，而是更多用于低温冷藏运输，避免与食物发生直接接触。
综上所述，泡沫箱虽然具有诸多优点，但在使用过程中仍需注意其缺点，并采取相应措施加以克服。